ご質問いただいた内容にそれぞれ回答させていただきます。
１．下描き
レイヤーを選択し、レイヤーパレットのメニューボタンから
[レイヤー設定]→[下描きレイヤーに設定]を選択すると、
下描き用のレイヤーに変更できます。
２．3Dモデルの縮小
3Dモデルは、貼り付け後にツールプロパティの[オブジェクトスケール]から
サイズ変更が可能です。
３．ペンの色
恐れ入りますが、通常はレイヤーの変更で色は変わりませんので、
下記についてご確認ください。
・レイヤーパレット上で別のレイヤーを選択していますでしょうか。
あるいは、[レイヤー選択]ツールで切り替えていますでしょうか。
・CLIP STUDIO PAINTは右クリックにスポイトツールが割り当てられているので、
右クリックしてキャンバスの白色をスポイトで取得してしまっている可能性もあります。
[ファイル]メニュー→[修飾キー設定]を選択し、[共通の設定]をチェックして、
[右クリック]の設定を[なし]にしてみてください。
４．用紙について
レイヤーごとに描画が出来る性質上、線を描いたり彩色した場合も、
描画した箇所以外は透明の状態が維持されます。
[用紙]を非表示にすると、透明部分が格子で表示され、実際に
どういう描画状態になっているのか視認しやすくなります。
しかし、常に透明部分が表示されていると仕上がりをイメージ
しづらいため、下地として用紙レイヤーがあります。
必要に応じて用紙の表示・非表示を切り替えてご利用ください。
５．ペンのショートカット
ペンのサイドスイッチに、[取り消し]や[選択を解除]のショートカットを
割り当てたいということでよろしいでしょうか。
サイドスイッチの設定は、ペンタブレットのプロパティで
行ってください。
サイドスイッチに取り消しの[Ctrl＋Z]や、選択解除の
[Ctrl＋D]を割り当てれば、CLIP STUDIO PAINTでワンクリックで
実行できます。
ご確認のほどよろしくお願いいたします。