ご不便をおかけして申し訳ありません。
現状、弊社にて同様の現象が確認できておりませんため、
お手数ですが下記についてご確認いただけますでしょうか。
・スポイトツールそのものが正常に使用できるか、ツールパレットから
選択してお試しください。
・Gペンなどの描画系ツールを選択した状態で、[ファイル]メニュー→
[修飾キー設定]を選択してください。
[修飾キー設定]ダイアログが出るので、Altキーの設定をスポイトから
別のツールなどに変えてみてください。
また、Ctrl+Altなどの、他のキーを絡めた設定も試してみてください。
・アップデート後に発生したとのことなので、こちらは念のためですが、
CLIP STUDIO PAINT以外でAltキーが効くかどうかお試しください。
WindowsXPですと、何かウィンドウを開いている際にAlt+F4を押すことで、
ウィンドウを閉じる動作になります。
お手数ですが、上記をご確認いただけますようお願いいたします。