横から失礼します。
＞下地混合ボタンがオンになっていれば問題なく使えるのですが、
＞ボタンがオフになった状態では真っ黒にしか塗れません。
とのことですが、これはブラシ元画像の表現色がカラー（32bit）のまま
ブラシ登録が行われたことが原因です。
ですので、「レイヤ」→「レイヤの変換」でグレー（8bit）や黒（1bit）などに
表現色を変更したあとでブラシ登録されることで
色の変更が可能になるかと思います。
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1.まずクリスタを立ち上げ、ブラシ登録したいパターンを開きます。
2.次に「レイヤ」→「レイヤの変換」を選択し、表示される「レイヤの変換」ダイアログから
「表現色」を「グレー」や「モノクロ」に変更して「OK」します。
（「元のレイヤを残す」チェックボックスについてはtasktanさまのご自由にどうぞ。
（元レイヤが残っていると紛らわしいですのでチェックを外しておいた方がよろしいかもしれません））
3.あとは「編集」→「画像を素材として登録」からブラシ登録を行い、
キャンバスに試し書きをしてみて色が変更できるか確認すれば完了です。
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それと二値ブラシにしたい場合も作り方は同じです。
（元画像が黒1色で構成されているか、黒と白の2色で構成されているかによって
1色ベタ塗りのブラシとなるか二値ブラシとなるかが決まってきます。
あ、それと、イラスタと違いクリスタでは背景色を選択した状態では2色で描画されず
背景色1色ベタ塗りとなってしまいますのでご注意を）
たとえばこういうパターンがあったとして
ブラシ登録して使ってみると以下のようになります。
以上、取り留めのないことをだらだらと述べてきましたが、
少しでも参考になりましたら幸いです。
それと乱文失礼いたしました。
CLIP STUDIO PAINTに登録したサブツールを書き出していただき、
「sut」ファイルをお送りいただけますでしょうか。
登録したサブツールの書き出し方法は、「サブツール」パレットの
メニュー表示から、[サブツールの書き出し]を選択してください。
また、[ヘルプ]メニューの[バージョン情報]を選択し、ご使用の
CLIP STUDIO PAINTの製品バージョンとPhotoshopのバージョンも
お知らせください。
■あて先：セルシスユーザーサポート
tech@celsys.co.jp
※メール件名に「要望・不具合：69783」とご記載ください。
お手数ですが、よろしくお願いします。